El Programa de Trasplantes del Hospital de Valdivia se originó a inicios de los años 80 y se consolidó con la creación del Laboratorio de Nefrología de la Universidad Austral de Chile (UACh). Posteriormente, en el marco de la normalización del Hospital Base Valdivia, se inició en 1990 el Programa de Especialización en Nefrología, incorporando a jóvenes especialistas con formación de post-beca en el extranjero. A esto se sumó la puesta en marcha del Laboratorio de Histocompatibilidad en 1997 y el desarrollo del Programa de Biopsias Renales desde 2001, lo que consolidó definitivamente el Programa de Trasplante Renal del hospital.

El primer trasplante en la ciudad de Valdivia fue realizado en 1980, lo que dio inicio dos años más tarde al Programa Regional de Trasplante Renal y Donación de Órganos, que atiende receptores provenientes de la macrozona sur austral, desde Araucanía Sur hasta Magallanes.